Die Geschäftsleitung wird vom Stiftungsrat gewählt und besteht aus mindestens drei Mitgliedern. Sie ist verantwortlich für die Geschäftsführung der Stiftung und deren Töchter nach Massgabe des Organisationsreglements. Seit dem 1. Mai 2011 steht Dr. Ruedi Bodenmann der Geschäftsleitung als CEO vor.